目前，有很多軟件可以解決分子生物學(xué)研究人員從立項(xiàng)到最后寫論文的實(shí)際問題。但由于軟件的數(shù)目太多，而且各個(gè)軟件開發(fā)環(huán)境、運(yùn)行平臺和操作方法都各不相同——即使功能的某些方面是相似的，這就給使用者造成了許多的不便。
一、實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備階段 這時(shí)一般要查一些與實(shí)驗(yàn)相關(guān)的文獻(xiàn),以便對自己所要做的課題的最新的進(jìn)展有一個(gè)基本的了解，從而確定自己的實(shí)驗(yàn)策略。推薦使用軟件：Reference Manager 9.0 Reference Manager 9.0可以在線通過查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個(gè)Z39.50數(shù)據(jù)庫中的專業(yè)資料,同時(shí)保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個(gè)屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時(shí)敲鍵盤就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要�？梢灾苯釉赪ORD中查找資料，并插入引用。在文章中對引用的文獻(xiàn)可以格式化，引用的參考資料格式有很強(qiáng)的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對引用格式的要求，引用時(shí)不用多窗口切換。
同類軟件：
Endnote 3.1.2 也是一個(gè)在線專業(yè)資料查找系統(tǒng),可以保存查找資料,并在文章中對引用格式化.
二、實(shí)驗(yàn)實(shí)施階段 隨著實(shí)驗(yàn)的進(jìn)行，就必須對實(shí)驗(yàn)過程中的DNA、RNA和蛋白質(zhì)的信息進(jìn)行各種處理，包括限制酶分析、引物設(shè)計(jì)、同源序列比較、質(zhì)粒作圖、結(jié)構(gòu)域(motif)查找、RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析、三維結(jié)構(gòu)顯示等方面的內(nèi)容。
1、綜合軟件 推薦軟件：Omiga 2.0 實(shí)際上，大部分對核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作為強(qiáng)大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計(jì)的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質(zhì)或核酸序列，分析序列組成。用Clustal. W進(jìn)行同源序列比較，發(fā)現(xiàn)同源區(qū)。實(shí)現(xiàn)了核酸序列與其互補(bǔ)鏈之間的轉(zhuǎn)化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉(zhuǎn)化為RNA鏈，以不同的讀碼框、遺傳密碼標(biāo)準(zhǔn)翻譯成蛋白質(zhì)序列。查找核酸限制性酶切位點(diǎn)、基元（Motif）及開放閱讀框（ORF），設(shè)計(jì)并評估PCR、測序引物。查找蛋白質(zhì)解蛋白位點(diǎn)（Proteolytic Sites）、基元、二級結(jié)構(gòu)等。查尋結(jié)果可以以圖譜及表格的顯示，表格設(shè)有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內(nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點(diǎn)等數(shù)據(jù)庫中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)�？蓮腗acVectorTM、Wisconsin PackageTM等數(shù)據(jù)庫中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個(gè)很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進(jìn)行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。
同類軟件：
DNASIS 2.5 DNASIS for Windows 2.5版是日立軟件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一個(gè)功能強(qiáng)大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進(jìn)行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進(jìn)行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫查詢等功能，足可滿足一般實(shí)驗(yàn)室的要求。在DOS時(shí)代，DNASIS 7等版本便是流傳甚廣并曾給過許多人以幫助的分子生物學(xué)軟件，因此我們有理由期待Win版的DNASIS 會帶給我們驚喜。 DNATools 5.1 與Omiga, DNAsis, PCgene等軟件屬于同一類的綜合性軟件,操作簡單功能多。DNATools設(shè)計(jì)的用戶友好、強(qiáng)壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫查詢獲得的序列相關(guān)信息。
DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當(dāng)程序不能辨別序列的格式時(shí)（通過尋找常用序列格式的特征），會顯示這個(gè)文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時(shí)（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個(gè)項(xiàng)目中可以加入幾千個(gè)序列或引物，并在整個(gè)項(xiàng)目中分析這些序列及標(biāo)題。這個(gè)程序的一個(gè)特點(diǎn)是給每個(gè)序列或引物添加文本標(biāo)題。這樣就可以用自定義的標(biāo)題識別序列，而不必通過它們的文件名。為避免丟失數(shù)據(jù)-和你的工作-DNATools包括幾個(gè)挽救丟失數(shù)據(jù)的功能：一個(gè)5層的撤銷/重復(fù)功能，重新獲得原始序列的恢復(fù)功能，項(xiàng)目中加入新文件時(shí)的安全備份功能，以及在一定的時(shí)間間隔作完全備份或備份你的工作。
2、限制酶切位點(diǎn)分析 這是分子生物學(xué)研究過程中最基本的操作，雖然可以通過文本編輯軟件來查找，但過程煩瑣（特別是序列長而分析的酶切位點(diǎn)多時(shí)）。通過專門的限制酶分析軟件，不但方便，不易出錯(cuò)；而且輸出的格式多樣，滿足用戶的各種要求。推薦軟件：DNAssist 1.0 能進(jìn)行限制酶分析的軟件很多，而我們建議使用DNAssist 1.0；原因是大多軟件只對線性序列進(jìn)行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcoR I的位點(diǎn)。DNAssist 1.0能很容易把這個(gè)EcoR I位點(diǎn)找出來。另外DNAssist在輸出上非常完美，除了圖形、線性顯示外，還有類似DNASIS的列表方式，列出有的位點(diǎn)（按酶排列，按堿基順序排列）。
同類軟件：Primer Premier 5.0 見下。
DNAClub： DNA Club是一個(gè)簡單的對DNA進(jìn)行與PCR有關(guān)的操作的軟件。它的功能有： 1、輸入DNA序列； 2、查找ORF序列； 3、把DNA翻譯成蛋白序列； 4、查找酶切位點(diǎn)； 5、查找PCR引物序列。 功能雖然都很簡單，但非常實(shí)用，一般的用戶都可以很方便地使用。
3、引物設(shè)計(jì) 優(yōu)秀的引物設(shè)計(jì)軟件能從模板序列中按用戶的要求挑選出一系列引物序列，同時(shí)把這些序列的所有特性（包括分子量、Tm值、二級結(jié)構(gòu)、上下有引物間的錯(cuò)配、3’端的穩(wěn)定性及GC含量等等）分析出來。當(dāng)然，這里的引物包括PCR引物、測序引物和探針。推薦軟件：Primer Premier 5.0 Primer Premier5.0是由加拿大的Premier公司開發(fā)的專業(yè)用于PCR或測序引物以及雜交探針的設(shè)計(jì)和評估的軟件，和Plasmid Premier2.02一起是該公司推出的最新的軟件產(chǎn)品。其主要界面同樣也是分為序列編輯窗口（Genetank），引物設(shè)計(jì)窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。這里我們主要介紹其引物設(shè)計(jì)功能，顧名思義，該軟件就是用來進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的。可以簡單地通過手動拖動鼠標(biāo)以擴(kuò)增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動的任何時(shí)候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來。而且進(jìn)行這些操作非常簡單。其功能絕不在Oligo 5.0之下！
同類軟件：DNAClub 見上。
4、序列的同源比較（Alignment）具有這一功能的軟件或軟件包很多，但功能全面，界面友好，同時(shí)輸出結(jié)果美觀實(shí)用的不多。推薦軟件: GeneDoc 3.2 GeneDoc能用用亮麗的色彩來區(qū)分相互間序列的同源性，輸出的格式一目了然，而且可以報(bào)告為進(jìn)化樹的格式。選擇項(xiàng)多，可以達(dá)到所需的要求。功能多又強(qiáng)，但要完全掌握，并不是很輕松的事。
同類軟件：
MACAW 2.05多序列構(gòu)建與分析工作臺軟件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一個(gè)用來構(gòu)建與分析多序列片段的交互式軟件。MACAW具有幾個(gè)特點(diǎn)：1. 新的搜索算法查尋類似區(qū)，消除了先前技術(shù)的許多限制。2. 應(yīng)用一個(gè)最近發(fā)展的數(shù)學(xué)原理計(jì)算block類似性的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。3. 使用各種視圖工具，可以評估一個(gè)候選block包含在一個(gè)多序列中的可能性。4． 可以很容易地編輯每一個(gè)block。在多序列中查找一個(gè)類似片段并不是一件簡單的事，主要是因?yàn)橐檎业牧繕O大。這正式MACAW所要解決的問題。 Clustal X 用來對核酸與蛋白序列進(jìn)行多序列比較（multiple sequence alignment）的軟件。多序列比較在分子生物學(xué)中是一個(gè)基本方法，用來發(fā)現(xiàn)特征序列，進(jìn)行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助預(yù)測新序列二級結(jié)構(gòu)與三級結(jié)構(gòu)，確定PCR引物，以及在分子 進(jìn)化分析方面均有很大幫助，Clustal X很適合這些方面的要求。
5、質(zhì)粒繪圖 就象限制酶切位點(diǎn)分析一樣，也是最常用的功能。好的質(zhì)粒繪圖軟件首先能對對已知序列自動作圖；如果是未知序列，但根據(jù)用戶已知的質(zhì)粒信息也能繪出漂亮的圖譜來。推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0 Gene Construction Kit 2.0這一個(gè)非常好的質(zhì)粒構(gòu)建軟件包。與大多數(shù)分析的軟件不同，它制作并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過程；包括質(zhì)粒構(gòu)建，模擬電泳條帶；當(dāng)然還可以質(zhì)粒作圖（有無序列均可）。通過它繪出來的圖還可以繼續(xù)用來構(gòu)建克隆策略圖譜。只是該軟件由于功能太強(qiáng)，使用起來也不簡單；幸虧它附有詳細(xì)的使用幫助，認(rèn)真研究后，應(yīng)該沒有問題。 同類軟件：Winplas 2.6該軟件用來繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖，可廣泛應(yīng)用與論文、教材的質(zhì)粒插圖。其特性包括：1.知道序列或不知序列結(jié)構(gòu)均能繪制質(zhì)粒圖；2. 可讀入各種流行序列格式文件引入序列信息；3. 自動識別限制位點(diǎn) 可構(gòu)建序列結(jié)構(gòu)，功能包括：從文件插入序列、置換序列、序列編輯、部分序列刪除等；4. 繪圖功能強(qiáng)大，功能包括：位點(diǎn)標(biāo)簽說明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環(huán)形序列繪制、可輸出到剪貼板、可輸出到圖像文件；5. 限制酶消化分析報(bào)告輸出與序列輸入報(bào)告功能。 Plasmid Premier2.02是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于質(zhì)粒作圖的專業(yè)軟件，主要用于進(jìn)行質(zhì)粒作圖，質(zhì)粒特征分析和質(zhì)粒設(shè)計(jì)。其主要界面分為序列編輯窗口（Genetank），質(zhì)粒作圖窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。打開程序就可進(jìn)入序列編輯窗口，可以直接打開Genbank或Vector數(shù)據(jù)庫中已知質(zhì)粒的序列文件，將序列讀入，并將有關(guān)于質(zhì)粒的各種特征，包括編碼區(qū)，啟動子，多克隆位點(diǎn)以及參考文獻(xiàn)等信息保存在Header中；也可以直接輸入序列進(jìn)行未知質(zhì)粒的設(shè)計(jì)。
6、結(jié)構(gòu)域（motif）查找。 推薦軟件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的結(jié)構(gòu)域查找功能與它的引物設(shè)計(jì)一樣強(qiáng)，結(jié)果能以圖形、表格、序列三種方式輸出。同時(shí)還提供了一些未知的結(jié)構(gòu)域的列表；當(dāng)然軟件本身也提供了大量的已知結(jié)構(gòu)域的序列。
7、RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 二級結(jié)構(gòu)分析和預(yù)測的軟件很多，但絕大部分都只能在Mac和Unix下使用，在Windows平臺下的很少。 推薦軟件：RNAdraw 1.1b2 RNAdraw是一個(gè)進(jìn)行RNA二級結(jié)構(gòu)計(jì)算的軟件。 1. 它 是Windows下的多文檔窗口 (multiple document interface) 軟件，允許你同時(shí)打開多個(gè)數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時(shí)幫助和退出程序。2. RNAdraw中一個(gè)非常非常重要的特征是鼠標(biāo)右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標(biāo)當(dāng)前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。 3. RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。 同類軟件：RNAStructure 3.5 RNA Structure 根據(jù)最小自由能原理，將Zuker的根據(jù)RNA一級序列預(yù)測RNA二級結(jié)構(gòu)的算法在軟件上實(shí)現(xiàn)。預(yù)測所用的熱力學(xué)數(shù)據(jù)是最近由Turner實(shí)驗(yàn)室獲得。提供了一些模塊以擴(kuò)展Zuker算法的能力，使之為一個(gè)界面友好的RNA折疊程序。
8、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析 推薦軟件：Antheprot 4.5 蛋白序列分析軟件包ANTHEPROT 4.5是位于法國的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時(shí)間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強(qiáng)大。應(yīng)用此軟件包，使用個(gè)人電腦，便能進(jìn)行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結(jié)構(gòu)信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級結(jié)構(gòu)。
9、三維結(jié)構(gòu)顯示 通過各種方法計(jì)算出來的各種三維結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)，只要在三維結(jié)構(gòu)瀏覽軟件的幫助下，才能顯示出來；從而使用戶形象地看到生物大分子的三維立體結(jié)構(gòu)。推薦軟件：RasMol 2.7.1 RasMol 2.7是計(jì)算化學(xué)與分子圖形學(xué)以及信息產(chǎn)業(yè)的同步高速發(fā)展的成果，使一個(gè)普通的科研工作人員，在自己的個(gè)人電腦上，就可以從Internet上的各種免費(fèi)數(shù)據(jù)庫中，下載所需觀察與研究的分子坐標(biāo)文件，進(jìn)而通過RasMol 2.7以各種模式、各種角度，甚至按照自己的意愿旋轉(zhuǎn)著，觀察此分子神秘的微觀三維立體結(jié)構(gòu)，進(jìn)而了解化合物分子結(jié)構(gòu)和各種微觀性質(zhì)與宏觀性質(zhì)之間的定量關(guān)系。RasMol 2.7的作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制藥公司）研發(fā)中心的科學(xué)家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特點(diǎn)是界面簡單，基本操作簡單，運(yùn)行非常迅速，對機(jī)器的要求較低，對小的有機(jī)分子與大分子，如蛋白質(zhì)、DNA或RNA, 均能適用，且顯示模式非常豐富。而且它程序短小，功能強(qiáng)大。尚無在功能上出其右者。其顯示窗口可以很簡單通過選擇相應(yīng)的菜單來顯示分子的三維結(jié)構(gòu)。用命令行窗口，通過輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。 同類軟件：Cn3D Cn3D是由NCBI開發(fā)的用于觀看蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的軟件，其設(shè)計(jì)的主要目的是為NCBI在其站點(diǎn)中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫MMDB提供專業(yè)的結(jié)構(gòu)觀察軟件，其主要的操作界面分為兩個(gè)窗口，如右圖所示，一個(gè)為結(jié)構(gòu)窗口，另一個(gè)為序列窗口。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網(wǎng)絡(luò)連接上，該軟件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，能直接根據(jù)輸入的序列號從數(shù)據(jù)庫中利用其內(nèi)嵌的Entrez搜索引擎調(diào)出蛋白結(jié)構(gòu)來進(jìn)行觀察，比其他軟件要簡便。而Cn3D主要的特點(diǎn)是能夠?qū)蓚�(gè)蛋白放在一起直觀地進(jìn)行三維結(jié)構(gòu)上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結(jié)構(gòu)通過VAST對準(zhǔn)得到的結(jié)構(gòu)比較圖：同樣，Cn3D在結(jié)構(gòu)比較方面也能利用其內(nèi)嵌的Blast搜索引擎直接訪問Genbank數(shù)據(jù)庫找到具有局部相似性的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并在三維結(jié)構(gòu)圖中顯示出二者具有相似性的結(jié)構(gòu)區(qū)域。
10、格式轉(zhuǎn)換 各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對我們使用數(shù)據(jù)帶來了困難；格式轉(zhuǎn)換軟件能幫助用戶解決這一問題。推薦軟件：Seqverter 1.3 Seqverter 1.3使用簡單，填寫輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉(zhuǎn)換。而且能夠轉(zhuǎn)換的格式非常之多是其它軟件所無法比擬的。另外，它可在線升級以讀寫更多格式文件。 同類軟件：Visual Sequence Editor 1.1 1.可以同時(shí)顯示編輯多達(dá)200個(gè)核酸蛋白序列 2.將所有程序打包成一個(gè)庫文件 3.可以輸入輸出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本 4.可以直接讀取MACAW的文件，并能將各序列中的同源順序標(biāo)出 5.根據(jù)遺傳密碼（可以自定義）讀出一種或六種閱讀框 6.查看的字體大小，字母間隔等靈活可調(diào) 7.模糊查找特定序列。
11、電泳圖譜分析 推薦軟件：band leader 3.0 提供處理DNA或蛋白分子凝膠電泳圖象和從凝膠電泳圖象獲得相關(guān)數(shù)據(jù)的工具。它可以對電泳圖譜進(jìn)行半定量分析，識別掃描得到的WINDOWS圖象格式 .BMP，是一個(gè)難得的好軟件。
三、 實(shí)驗(yàn)結(jié)果輸出階段
1、生成出版質(zhì)量的圖片 論文發(fā)表時(shí)，一般分子結(jié)構(gòu)圖的質(zhì)量要求較高，如果直接從RasMol等軟件中抓取圖片，往往都不夠精美。 推薦軟件：Pov-Ray for Windows 3.1 Pov-Ray for Windows 3.1 相當(dāng)于一種語言，它可以修改pov格式文件，用戶還可以自己設(shè)定光源、攝像機(jī)、材質(zhì)、陰影等因素，把生物分子的表面用材質(zhì)填充；并根據(jù)光源、攝像機(jī)得到生物大分子的三維圖。分辨率最大可達(dá)1280*1024。
同類軟件：molmol 2.5.1該軟件能將pdb等格式的蛋白文件通過轉(zhuǎn)換，存成普通的圖形文件。
2、向數(shù)據(jù)庫遞交序列 推薦軟件：Sequin 2.90 Sequin 2.90能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列庫遞交序列。可以不用仔細(xì)考慮各數(shù)據(jù)庫文件的具體格式，以問答填表格的形式，將需遞交的序列和相關(guān)資料填好�？梢栽诰�直接發(fā)送，也可以生成相應(yīng)格式文件，以e-mail形式發(fā)送。
Annhyb AnnHyb2.22是設(shè)計(jì)PCR引物和DNA探針的輔助軟件。主要功能有： 1.對寡核苷酸序列，計(jì)算溶解溫度(nearest-neighbour algorithm，可以設(shè)定鹽濃度和引物濃度), 序列長度、GC百分比,分子量, 摩爾消光系數(shù),IUB/IUPAC序列、反向序列、互補(bǔ)序列。 2.對50個(gè)bp以上的序列, 計(jì)算長度,GC百分比、不同鹽濃度下的溶解溫度 3.對長序列可以進(jìn)行反向互補(bǔ)序列。 4.可以讀出序列
Cervus CERVUS 是一個(gè)根據(jù)共顯性資料來推測家系似然性的WINDOWS95程序，它可以用來計(jì)算等位基因發(fā)生概率，運(yùn)行模擬系統(tǒng)來判定似然比率的臨界值和分析動植物種群中的家系。這種模擬系統(tǒng)還可能應(yīng)用于評估家系推測中所使用的系列單位點(diǎn)標(biāo)記物的分辨能力。
Clonemap Clonemap是由CGC公司設(shè)計(jì)的用于輔助克隆設(shè)計(jì)的質(zhì)粒圖譜繪制軟件。該軟件除了能實(shí)現(xiàn)質(zhì)粒圖譜的繪制功能以外，還有其他一些輔助功能，如對序列進(jìn)行翻轉(zhuǎn)，按六個(gè)閱讀框進(jìn)行蛋白翻譯，尋找開讀框，搜索特定序列。 Dicroprot DICROPROT software for Windows Release 2.0 beta 是法國蛋白生化研究所蛋白構(gòu)象研究室Gilbert Deleage博士編制的用于觀察蛋白質(zhì)圓二色譜的軟件，是一個(gè)較為小巧、相對較為專業(yè)、操作簡單的研究輔助工具。
Digest DIGEST 能夠掃描DNA序列并查找限制性內(nèi)切酶位點(diǎn).它支持使用者限定搜索特定的酶,如果此酶在限制性酶切酶庫文件WISCONSI.920中,它會列出酶切位置并對酶切片段按長度排序.它使用Don Gilbert的讀序模塊UREADSEQ,所以讀出大部分的序列文件格式。
DNAMend DNAmend是一名德國人編寫的用于對DNA序列進(jìn)行分析，編輯的專業(yè)軟件，主要的用途是在基因克隆過程中，利用其提供的對DNA序列的限制性酶切分析，開讀框搜索，序列轉(zhuǎn)譯，末端修剪等功能對DNA序列進(jìn)行酶切、連接、末端補(bǔ)平等模擬操作，為克隆流程設(shè)計(jì)及克隆過程監(jiān)視提供直觀的控制工具，便于對克隆中可能出現(xiàn)的問題進(jìn)行分析，并可將結(jié)果輸出用于發(fā)表文章。
ISIS DRAW 非常非常棒的化學(xué)結(jié)構(gòu)式繪制軟件，能繪制各種復(fù)雜的化學(xué)分子（包括有機(jī)大分子）的平面及立體結(jié)構(gòu)，還能繪制復(fù)雜的化學(xué)反應(yīng)方程式，是寫論文和考試試卷的常備工具。強(qiáng)烈推薦給有關(guān)生物化學(xué)研究及教學(xué)的工作人員。 MatInd 使用MatInd對一組DNA序列或一個(gè)核酸分布矩陣進(jìn)行分析后，能夠產(chǎn)生描述轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的矩陣型來。這些矩陣型又可以被MatInspector用來掃描核甘酸序列并找到與之匹配的結(jié)合位點(diǎn)。
MatInspector 利用MatInd所生成的矩陣型對核甘酸序列進(jìn)行掃描并使之與結(jié)合位點(diǎn)匹配。在輸出文件中包括匹配位置的核心序列、矩陣相似性、具體位置及序列等。
Molgen OLGEN軟件包可以根據(jù)分子式計(jì)算并估計(jì)其所有的異構(gòu)體，MOLGEN為科學(xué)和教育在闡明分子的結(jié)構(gòu)組成方面提供了有效方便而廉價(jià)的分析工具。MOLGEN結(jié)合MOLED和MOLVIEW兩個(gè)軟件，通過描述目的分子包含的亞結(jié)構(gòu)的限制，減少異構(gòu)體的數(shù)量，以便更快的獲得目的分子的空間的結(jié)構(gòu)的具體構(gòu)像；通過MOLVIEW可以計(jì)算分子的最穩(wěn)定合理的立體的結(jié)構(gòu)，并且通過旋轉(zhuǎn)可以從個(gè)個(gè)角度觀察分子的結(jié)構(gòu)情況，和每一個(gè)原子的空間的位置。
Mvsp MVSP是一個(gè)多變量統(tǒng)計(jì)分析軟件包。它能進(jìn)行多種等級特征分析：１，主成分分析（PCA）, 2, 主坐標(biāo)分析（PCO）, 對應(yīng)／對應(yīng)分離趨勢分析（CA/DCA）和典型對應(yīng)分析（CCA）等。 另外，它還可以通過使用20種不同的距離測量或相似測量及７種分族策略進(jìn)行族分析。分析得到的多樣性指數(shù)就可以用于生態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)的計(jì)算，這些指數(shù)包括辛普森指數(shù)，香農(nóng)信息指數(shù)和Brillouin指數(shù)。目前這一版本是一個(gè)評估版（限時(shí)３０天，限次１５次），如果你想繼續(xù)使用就必須付錢買正式版，價(jià)格為$140。
PCMolecule PCMolecule 是觀察三維分子結(jié)構(gòu)的軟件，能夠觀察以.mcm格式保存的三維分子。
PCrare PC-Rare是應(yīng)用八聚體頻率出現(xiàn)的不一致性的方法（OFD）來設(shè)計(jì)PCR的引物，此程序簡單而有效。
Promsed ProMSED是一個(gè)在Windows 3.11/95下運(yùn)行的簡單易用的程序，通過它能夠自動或手動進(jìn)行蛋白質(zhì)多序列的比較和編輯。該程序能自動識別以下文件格式：NBRF/PIR、Pearson（Fasta）、EMBL/SwissProt、CLUSTAL和GCG/MSF等，同時(shí)它的界面及主要功能與通用的文本編輯語言相似。其中自動比較只對Clustal V 運(yùn)算法則有效，當(dāng)使用群體操作或用不同顏色表示不同性質(zhì)及功能氨基酸時(shí)，人工比較和序列可視分析就顯得更方便一些。隨著目前計(jì)算機(jī)內(nèi)存的日益擴(kuò)大，程序中使用序列的大小及個(gè)數(shù)都沒有什么限制了。更可貴的是ProMSED能夠比較全部序列、全部序列中的任何子集和序列中選定的某一區(qū)域，并且提供一些用來進(jìn)行序列分析、可視編輯及以圖像展示結(jié)果的工具。
Redsoft Plasmid Redasoft Plasmid 的設(shè)計(jì)是用來幫助生命科學(xué)家快速而輕松地繪制專業(yè)級質(zhì)量的質(zhì)粒載體圖，Redasoft Plasmid 主要的性能包括：快速和輕松地生成一個(gè)清晰，色彩鮮明的環(huán)行或線性的載體圖。自動識別和解析序列文件。新增的web瀏覽功能允許你鏈接到數(shù)據(jù)庫站點(diǎn)，并支持下載和自動將序列文件轉(zhuǎn)換成載體圖。強(qiáng)大的限制性內(nèi)切酶分析功能和擁有將近1000種來自REBASE的限制性內(nèi)切酶。片段的刪除和插入完全模擬克隆實(shí)驗(yàn)并和其他圖形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的編輯環(huán)境使得你的打印結(jié)果和你在屏幕上看到的保持一致。自動標(biāo)記各種區(qū)段的堿基位置以避免重疊。可選擇的圖形比例尺使幾個(gè)構(gòu)造圖間很容易比較。允許質(zhì)粒圖拷貝到剪貼板并粘貼到其他Windows應(yīng)用程序�？梢杂胑-mail的方式傳遞載體圖。
Simplot本軟件與Phylip95協(xié)同應(yīng)用, 它基于Don Gilbert's ReadSeq的編碼的形式能夠識別多種序列的格式。首先，將序列對齊，將它們以標(biāo)準(zhǔn)的格式保存，如FASTA/Pearson的格式。SimPlot同時(shí)可做26組的序列或26個(gè)單獨(dú)的序列，當(dāng)然，可以只選擇感興趣的序列。 TreeView Tree View是用來生成與打印進(jìn)化樹的軟件，它可以讀取NEXUS與PHYLIP生成的進(jìn)化樹格式文件，生成進(jìn)化樹,并輸出到打印機(jī)。
10、格式轉(zhuǎn)換 各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對我們使用數(shù)據(jù)帶來了困難；格式轉(zhuǎn)換軟件能幫助用戶解決這一問題。推薦軟件：Seqverter 1.3
Seqverter 1.3使用簡單，填寫輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉(zhuǎn)換。而且能夠轉(zhuǎn)換的格式非常之多是其它軟件所無法比擬的。另外，它可在線升級以讀寫更多格式文件。
同類軟件：Visual Sequence Editor 1.1 1.可以同時(shí)顯示編輯多達(dá)200個(gè)核酸蛋白序列 2.將所有程序打包成一個(gè)庫文件 3.可以輸入輸出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本 4.可以直接讀取MACAW的文件，并能將各序列中的同源順序標(biāo)出 5.根據(jù)遺傳密碼（可以自定義）讀出一種或六種閱讀框 6.查看的字體大小，字母間隔等靈活可調(diào) 7.模糊查找特定序列。
11、電泳圖譜分析 推薦軟件：band leader 3.0
提供處理DNA或蛋白分子凝膠電泳圖象和從凝膠電泳圖象獲得相關(guān)數(shù)據(jù)的工具。它可以對電泳圖譜進(jìn)行半定量分析，識別掃描得到的WINDOWS圖象格式 .BMP，是一個(gè)難得的好軟件。