9.什么是Chip-seq
染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法,是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具,通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)或組蛋白特異性修飾位點(diǎn)的研究。將ChIP與第二代測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù),能夠高效地在全基因組范圍內(nèi) 檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。
ChIP-Seq的原理是:首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(ChIP)特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段,并對其進(jìn)行純化與文庫構(gòu)建;然后對富集得到的DNA片 段進(jìn)行高通量測序。研究人員通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上,從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。
10.什么是CHIRP-Seq
CHIRP-Seq( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白的高通量測序方法。方法是通過設(shè)計(jì)生物素或鏈霉親和素探針,把目標(biāo)RNA拉下來以后,與其共同作用的DNA染色體片段就會附在到磁珠上,最后把染色體片段做高通量測序,這樣會得到該RNA能夠結(jié)合到在基因組的哪些區(qū)域,但由于蛋白測序技術(shù)不夠成熟,無法知道與該RNA結(jié)合的蛋白。
11.什么是RIP-seq
RNA Immunoprecipitation是研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù),是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具,能幫助我們發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點(diǎn)。這種技術(shù)運(yùn)用針對目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來,然后經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行測序分析。
RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應(yīng)用,但由于研究對象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物,RIP實(shí)驗(yàn)的優(yōu)化條件與ChIP實(shí)驗(yàn)不太相同(如復(fù)合物不需要固定,RIP反應(yīng)體系中的試劑和抗體絕對不能含有RNA酶,抗體需經(jīng)RIP實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證等等)。RIP技術(shù)下游結(jié)合 microarray技術(shù)被稱為RIP-Chip,幫助我們更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。
12.什么是CLIP-seq
CLIP-seq,又稱為HITS-CLIP,即紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一項(xiàng)在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結(jié)合蛋白相互作用的技術(shù)。其主要原理是基于RNA分子與RNA結(jié)合蛋白在紫外照射下發(fā)生耦聯(lián),以RNA結(jié)合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體沉淀之后,回收其中的RNA片段,經(jīng)添加接頭、RT-PCR等步驟,對這些分子進(jìn)行高通量測序,再經(jīng)生物信息學(xué)的分析和處理、總結(jié),挖掘出其特定規(guī)律,從而深入揭示RNA結(jié)合蛋白與RNA分子的調(diào)控作用及其對生命的意義。